很多种疾病都需要做脑脊液的检查来进一步明确诊断。首先是一些脑血管方面的病变，比如怀疑有蛛网膜下腔出血，这种情况下就需要做腰穿抽脑脊液进行化验。
如果脑脊液里面有红细胞，有可能就是出血导致。另外一个方面怀疑颅内有一些炎症感染，这样也需要做脑脊液的检查，可以抽脑脊液化验往往白细胞比较高，会有蛋白。
另外，患者脑脊液里面有可能还能够发现一些病原菌，还有一些怀疑有肿瘤也需要做脑脊液的检查。另外，一些免疫缺陷性的疾病往往也需要做脑脊液的检查来进一步确诊。