巧克力囊肿和卵巢囊肿不管是从致病因素上，还是从引起的后果上都是有很大区别的。
卵巢囊肿是属于卵巢内部或表面生成的囊状结构，大部分是和环境、饮食、感染、激素等这些因素有关系。然而巧克力囊肿是属于异位子宫内膜在卵巢内生长形成了囊肿，这种情况大多是与种植、遗传等这些因素有关系。
卵巢囊肿如果不及时治疗，随着囊肿体积越来越大，患者就会出现明显的症状，比如腹疼、腹胀、月经不调等等，严重的可能还会导致继发性感染、囊肿破裂、蒂扭转等。而巧克力囊肿常见的症状就是痛经、月经异常，严重的可能会导致患者不孕。