过敏性结肠炎不是功能性的肠道疾病。
过敏性结肠炎的患者肠道存在病变，病变可以累及黏膜层、黏膜下层，甚至侵犯浆膜层，属于肠道的器质性病变，不属于功能性的肠道疾病。如果怀疑过敏性结肠炎，可以完善电子结肠镜检查，以及抽血化验嗜酸性粒细胞水平。如果嗜酸性粒细胞明显增多，并且在电子结肠镜下能看到肠道黏膜明显的充血、水肿，镜下取病变组织做病理检查，可以看到嗜酸性粒细胞浸润，一般能够诊断过敏性结肠炎，需要及时治疗。
这类疾病治疗方法不同于功能性肠道疾病，激素治疗是根本，患者一般对激素有比较好的反应。