关节结核的治疗首先需要进行全身的抗结核用药，然后再进行局部的治疗。
早期全程规律的抗结核药物治疗是治疗关节结核的基础，局部的治疗可以采用关节腔内注入抗结核药物，关节制动休息，窦道处给予换药。如果通过局部的换药和注药等治疗后效果不明显，则需要进行手术治疗。
对于一些滑膜肥厚的患者，可以进行滑膜切除术，全关节结核的年轻患者需要进行病灶清除术。对于成年人的关节结核，可以在病灶清除术的基础上进行关节融合。对于一些功能要求高，结核控制理想的成年人也可以选用关节置换术。