大多数的关节结核疾病都能治愈。
如果关节结核特别严重，患者体质较差治疗不及时即便治愈，也可能会留有关节功能障碍的后遗症。对于早期的关节结核疾病最主要的方法是药物治疗，主要是应用利福平、异烟肼等抗结核的药物予以控制。在使用药物治疗时还应进行全身支持疗法，注意身体营养的补充。如果存在贫血还应纠正贫血，适当锻炼身体提高身体体质与免疫力，都有助于改善不适症状，避免关节结核疾病加重。
如果关节结核疾病处于晚期，以上方法没有效果时应当采取手术治疗。