肠瘘如果没有得到正规的治疗，很难自愈。
某些肠瘘在感染得到控制，营养状况得到改善，或者身体健康状况良好，只有少量的消化液通过瘘管开口的患者，肠瘘可能会自行闭合。术后出现肠瘘时，需要在医生指导下积极改善营养状况，以及预防伤口感染。
如果能够进口进食的人，多吃高蛋白、高纤维素、容易消化类食物。如果通过补充营养不足，或者不能进食的人，可以通过静脉输注肠外营养药品，以纠正营养不良状况，提高自身抵抗力，促进肠瘘的愈合。
抗感染主要包括伤口换药，以及必要时使用抗生素。