矮小症的病因可以分为原发性和继发性两种，其主要病因如下:
第一、是原发性，可以分为：
1、遗传，包括激素异常或者是受体异常，也包括与垂体发育有关的基因缺陷。
2、特发性，下丘脑异常、神经递质-神经激素信传导递途经的缺陷曲。
3、是发育异常，垂体不发育、发育不良或者是视中隔发育不良。
第二、是继发性， 可以分为：
1、肿瘤、下丘脑垂体或者是颅内其他肿瘤，如颅咽鼓管瘤、神经纤维瘤、错构瘤。
2、是发射性损伤、如下丘脑、垂体肿瘤放疗以后。
3、是头部的创伤，比如产伤、手术损伤、颅底骨折等。
以上都是矮小症的基本病因。