脑垂体瘤手术有一定的风险，垂体瘤手术的风险与垂体瘤的大小、垂体瘤生长的方式及生长的部位有明确的关系。
若为垂体微腺瘤，经鼻蝶入路者，蝶窦较大、鞍底较薄者手术风险相对较小，相反则会增加手术的难度。
经颅切除垂体瘤者，若垂体瘤呈侵袭性生长，颈内动脉包绕明显、垂体瘤质地较硬者，术中切除肿瘤时易损伤颈内动脉，皆会使手术难度、风险加大，会导致手术中肿瘤难以全切，术后垂体瘤也极易复发，对于垂体瘤残留者可以建议行进一步行放射治疗。