如果是感染性结膜炎，可以根据感染的病原体选择抗感染的药物，比如细菌感染导致的给予抗菌药物治疗，常用的有氧氟沙氧眼用凝胶。
病毒感染导致的可以选择抗病毒的药物，比如阿昔洛韦眼液。如果是过敏导致的结膜炎，可以使用抗组胺药物，比如盐酸氮卓斯汀滴眼液或者糖皮质激素滴眼液，比如妥布霉素地塞米松滴眼液。
如果是其它理化因素刺激导致的结膜炎，可以冲洗结膜囊，给予抗炎、消肿的药物，也可以给予非甾体类消炎药进行治疗，比如溴芬酸钠滴眼液。