通常认为，脑部的淋巴瘤是由于免疫系统发生了功能紊乱所引起的。
所以在临床上原发于脑部的淋巴瘤常见于艾滋病的患者和先天性免疫缺陷疾病的患者以及长期使用免疫抑制治疗的患者，比如各种器官移植之后的患者和医源性免疫缺陷的患者。
在一些全身的免疫系统性疾病，比如常见的系统性红斑狼疮、类风湿关节炎和硬皮病等疾病都可以发生原发于脑部的淋巴瘤。
原发于脑部的淋巴瘤不同于全身性淋巴瘤，病变只局限在中枢神经系统，比如脑和脊髓，在治疗上比较困难。