心源性脑血栓发病的原因，有可能是患者有心房颤动，容易使心向内形成腹壁血栓脱落时，可能会引起脑血管堵塞，从而发生脑血栓形成，导致患者脑梗死，可以表现为各种不同的症状和体征。
如果患者有心脏瓣膜病，容易引起心脏内栓子脱落，也容易发生；患者如果有心内膜炎，可能会引起炎性栓子，脱落时也可引起。
心源性的脑血栓临床上一般称为脑栓塞，如果患者有冠心病，或者是嗜性心动过速，可能会引起心脏泵血量减少，可以导致脑部低灌注，引起脑部缺血、缺氧，严重时引起脑梗死，一般称为心源性的脑梗死。