基质性角膜炎在慢性期，角膜深层浑浊或瘢痕明显，影响视力，角膜基质变薄可能发生穿孔，则可以考虑行角膜移植手术。在急性期，主要是局部使用睫状肌麻痹剂，糖皮质激素滴眼液，如1%醋酸泼尼松龙。
根据病情的严重反应程度给予药物治疗，通常两小时滴眼一次。再就是进行全身的病因治疗，如梅毒感染者需要抗梅毒治疗。结核引起，则需要抗结核用药，如病毒引起则需要抗病毒治疗。
基质性角膜炎是一种非化脓性炎症，以细胞浸润和血管硬化为特点。通常不会累及角膜上皮和内皮。