眼睛激光手术后是有可能会导致严重的后遗症的，比如圆锥角膜、长时间的角膜水肿、干眼症等。
圆锥角膜的发生是由于手术切削角膜后，角膜变薄，使角膜的稳定性降低，因此可能导致角膜扩张，形成圆锥角膜。
角膜神经的损伤可能会导致患者术后出现眼睛干涩的症状。
若患者角膜内皮细胞计数较少，术后角膜反应性水肿可能久不消退，因此可能会导致持续性的角膜水肿，影响患者的视力。
上述后遗症大都可以通过术前相关的检查来进行预测，若患者角膜内皮细胞计数较少或者角膜比较薄，则不建议进行角膜屈光手术。