几乎所有的多房棘球蚴病患者都有肝功能损害，如食欲不振、消化不良等，由于肝实质内棘球蚴的弥漫性浸润和生长，并逐渐扩散到整个肝脏，对肝组织的损伤尤为严重，可引起肝衰竭并导致肝昏迷或诱发肝硬化并导致门脉高压，并伴有消化道大出血还有死亡。
如果泡状棘球蚴侵入门静脉分支，沿血流在肝脏广泛扩散，形成多个寄生结节和肉芽肿反应，可诱发肝硬化和胆管癌。
如果侵入肝静脉，可随血液循环转移到肺和脑，引起相应的呼吸和神经系统症状，如咯血、气胸、癫痫、偏瘫等。