1.抗凝药物，如华法林、达比加群、利伐沙班等。房颤病人的栓塞发生率极高，因此抗凝治疗是房颤治疗的重要内容。对于合并瓣膜病病人需应用华法林抗凝，对于非瓣膜病病人可选择其他抗凝药。
2.奎尼丁、胺碘酮等抗心律失常药物。有一部分新发的房颤是可以进行药物复律的，成功率60%左右。胺碘酮致心律失常发生率最低，是目前常用的维持窦性心率的药物。
3.无法转复为窦性心律的病人除抗凝外，需控制心室率，常用的药物包括β受体阻滞剂、钙通道阻滞剂、洋地黄制剂等。