治疗便秘的药物有外用药物以及内服药物，从药物的功效上有泻药以及润滑剂。外用的药物主要是开塞露、甘油等，可以软化大便。
内服药物主要是各种口服的泻药以及肠道微生态制剂，促进胃肠蠕动的药物，比如硫酸镁、乳果糖、决明子、何首乌、乳酸杆菌、双歧杆菌、多潘立酮等。但这些药物不能长期使用，否则有可能会导致患者出现肝肾功能的损害，也可能会导致患者出现色素的沉着。
假如患者的便秘是功能性便秘时，还可以使用肥皂水灌肠来缓解症状，这也是临床当中比较常用的一种治疗方式。