葡萄球菌感染多需要住院治疗。但对于感染程度轻的皮肤感染，例如由葡萄球菌感染引起的疖子，患者是不需要住院治疗，通过局部用药治疗即可。
葡萄球菌感染引起的疾病众多，但其感染程度多较为严重。而且葡萄球菌引起的感染是不能自愈，患者需要规范的抗感染治疗。上述因素决定了患者一定要住院进一步的详细检查和足疗程的抗感染治疗。例如葡萄球菌可以引起肺炎，常见于金黄色葡萄球菌肺炎或肺脓肿，此类患者感染程度较为严重，需要根据药敏试验予以足疗程、敏感的抗生素治疗。
部分患者还可以因葡萄球菌感染形成脓毒血症、软组织感染、心内膜炎等情况，此些疾病多是比较严重，患者均需要住院规范的诊治。