复杂性肛瘘患者可以使用抗生素控制感染以及外用消肿止痛的药物缓解局部症状。
但复杂性肛瘘使用药物治疗，一般是在瘘管出现急性感染时才会使用，如果复杂性肛瘘在没有明显临床症状的发作间歇期并不需要使用药物。而即使复杂性肛瘘出现了急性感染，通过使用药物也仅能控制肛瘘的临床症状，并不能治愈肛瘘，后期还会反复出现急性感染，导致患者出现反复肿痛以及流脓的症状。
患者需要及时去医院就诊，明确瘘管以及内口的数量和位置，及时进行手术治疗，因为只有通过手术治疗才能治愈复杂性肛瘘。