怀孕期间做核磁共振检查对胎儿是否有影响，主要看患者所做的检查部位，以及具体的怀孕的时间。如果孕妇做的是除了胎儿以外的核磁共振检查的话，对胎儿是没有什么影响的，因为核磁共振主要是利用磁场对人体进行检查，所以是相对安全的。
但是因为怀孕早期的话，核磁共振的磁场有可能会对胎儿有一定的影响，所以一般怀孕前三个月是不建议核磁做胎儿的相关检查的，如果患者想做胎儿的相关检查，可以用超声来代替。
怀孕三个月以后也就是中晚期，如果有临床的需求，需要做胎儿的核磁共振检查来确诊的话，是可以做的。