萎缩性咽炎有时是可以导致发烧，但多是继发了相关的并发症而有发烧的症状。对于单纯的萎缩性咽炎一般是无明显的发烧表现，患者多是以咽喉不适的症状为主，例如咽干、咽痒、咽喉部异物感。
部分患者因咽喉部不适诱发其出现咳嗽等表现，有时还可伴有恶心、声音嘶哑以及听力减退、耳鸣等。但要注意萎缩性咽炎因其咽腔局部黏膜分泌腺体萎缩，导致其局部的抵抗力和免疫力下降，容易反复发生呼吸道感染。
如果继发了感冒或急性扁桃体炎等，此时患者有可能会出现发烧的症状。故对于萎缩性咽炎出现发烧时，要重点排外有无呼吸道感染的形成。