造成肛门失禁的原因有很多。首先是神经系统的功能障碍，例如脊神经损伤卧床的截瘫病人，会出现肛门失禁的情况。
另外，肛门周围的肌肉功能障碍也会出现此种情况，比较常见的是由于进行肛门周围的手术时损伤了肛门括约肌，例如肛周脓肿，肛瘘等手术，都有可能出现此种并发症。如果先天性的肛门发育不全，也可以造成肛门失禁的情况出现。
因此，在临床上肛门失禁的病因比较复杂。如果出现了排便次数增多，或者是排便紊乱等情况，还是建议积极地到肛肠科进行专科检查，查明病因再进行系统的治疗。一般肛门失禁恢复难度比较大，要有心理准备。