胃窦部胃壁增厚首先要明确胃壁增厚的原因，针对胃壁增厚不同的病因进行相应治疗。发现胃窦部胃壁增厚还需要进一步完善胃镜、幽门螺杆菌检测、腹部彩超等相关检查，必要时还需要行胃窦部组织病理活检，明确引起胃壁增厚的原因。
如果是急性或者慢性胃炎引起的胃壁增厚，可以通过减少辛辣、刺激，或者酒精等对胃部有刺激的食物摄入，并给予相关抑酸、护胃、根除幽门螺杆菌等药物治疗。
如果是胃息肉、胃癌等原因引起的胃壁增厚，则需要根据组织病理活检情况，进行相应的内镜下治疗或手术切除治疗。