输卵管囊肿和输卵管堵塞不是一样的。
输卵管的囊肿常发生在输卵管的系膜上，也可称之为输卵管系膜囊肿。如果囊肿是向外凸起，就不会影响到输卵管腔，随之输卵管腔还是通畅的。但输卵管堵塞经常是由于某些疾病或输卵管受压等导致的管腔不通畅，这种情况常见于输卵管炎、输卵管积水、盆腔肿瘤压迫输卵管等情况。
另外，从病理上来说，前者存在囊肿这个病变组织，而后者是管腔形态发生异常，没有病变组织的。但如果前者的囊肿向内侧生长，可能还是会导致输卵管受压，进一步出现堵塞。因此两者不是对等的。