第一，一般表现疲劳怕冷，体重增加，记忆力减退，反应迟钝嗜睡，精神抑郁、便秘、月经不调，肌肉痉挛，体检可以发现表情淡漠、面色苍白，皮肤干燥发凉，粗糙脱屑，颜面眼睑和手皮肤水肿，声音嘶哑，毛发稀疏，眉毛外三分之一脱落。由于高胡萝卜素血症、手脚皮肤呈姜黄色。
第二，肌肉与关节，肌肉乏力，暂时性肌强直，痉挛疼痛，嚼肌胸锁乳突肌、股四头肌和手部肌肉，可以有进行性的肌萎缩，腱反射的迟缓期特征性延长。
第三，心血管系统，心肌粘液性水肿，导致心肌收缩力损伤，心动过缓，心排血量下降、心电图显示低电压，由于心肌间质水肿，非特异性的心肌纤维肿胀，左心室扩张和心包积液可以导致心脏增大。
第四，血液系统，可以发生贫血，主要原因是，甲状腺激素缺乏引起血红蛋白合成障碍。肠道吸收铁障碍引起铁缺乏，肠道吸收叶酸障碍，引起叶酸缺乏，恶性贫血与自身免疫性甲状腺炎伴发的器官特异性自身免疫病有关。
第五，消化系统，厌食、腹胀、便秘严重者可以出现麻痹性肠梗阻或粘液水肿性巨结肠。
第六，内分泌系统，女性常有月经过多或闭经，长期严重的病例，可以导致垂体增生，部分患者血清催乳素水平增高，发生溢乳，原发性甲减伴特发性肾上腺皮质功能减退的患者属于自身免疫性多内分泌腺病综合征的一种。
第七，粘液性水肿昏迷，见于病情严重的患者，多在冬季寒冷时发病诱发，病因为严重的全身性疾病，甲状腺激素替代治疗中断，寒冷，手术、麻醉和使用镇静药等，临床表现为嗜睡，低体温，呼吸过缓、心动过缓，血压下降，四肢肌肉松弛，反射减弱或消失，甚至昏迷休克。肾功能不全危及生命，是非常严重的甲减的并发症。