含牙囊肿的治疗原则为手术囊肿刮治术，手术除去除囊壁外，还需拔除囊壁内的受累牙，如果处理不彻底会反复发作，所以是一定要手术治疗的。
但是对于儿童萌出期含牙囊肿，当估计患牙可能萌出到正常位置，可打开囊腔，去除上部的囊壁，保留患牙，让其自然萌出。其上的牙间隙应用保持器来维持，以利其正常萌出。
含牙囊肿是在牙齿发育的时候引起的。比如牙冠或牙根形成后，牙冠与缩余釉上皮之间因液体渗出而形成的含牙囊肿，它的治疗原则就是手术囊肿刮治术，用手术进行治疗。