麦胶性肠病的治疗原则，主要是限制含有麦胶的麦类食品的摄入，患者因为肠黏膜细胞酶活性不足，不能够将麦胶蛋白分解而致病，因此要避免进食麦胶类食物。同时还要积极预防因为吸收障碍，所导致的维生素缺乏以及电解质紊乱。
因为麦胶性肠病腹泻导致的营养不良，多数患者有缺铁性贫血或巨细胞性贫血，维生素K的缺乏会导致凝血因子减少，维生素D的缺乏会导致软骨病、佝偻病、骨质疏松等。因此，患者要补充维生素A、B、C、D、K、叶酸等，同时也要补充优质蛋白，还要多休息、勿劳累。
症状比较严重可以注射促肾上腺激素或强的松龙，改善小肠的吸收功能，缓解症状。