胰石症的症状可分为早期和晚期两种表现。早期最常见症状是腹痛，但腹痛程度不典型，原因是结石引起胰管的不通畅，导致急性或慢性胰腺炎长期结石刺激，引起的胰腺纤维化。胰石症通常会引起胰腺外分泌功能障碍，胰腺功能受损，会引起长期营养吸收障碍，而导致消瘦及脂肪泻等症状。胰腺纤维化、硬化会压迫胆总管，引起持续性或间歇性黄疸。晚期因进行中不可逆的结石刺激，以及胰管梗阻等慢性损伤，可导致胰腺癌的发生，胰腺功能丧失，难以忍受的腹痛等症状。