过期妊娠不会导致胎儿畸形，但是胎儿畸形可能会导致过期妊娠的发生。
这是由于如果发生了胎儿严重的外形畸形时，如无脑儿、脑积水等，胎儿可能不能紧贴于子宫壁而反射性地诱发出子宫收缩，产生临产的症状。所以，这两者之间存在着一定的联系。
对于过期妊娠的孕妇，因为超过了预产期两周没有分娩，可能会导致胎盘功能下降，进一步影响胎儿在宫内的安危状况。虽然这与胎儿畸形没有关系，但也需要引起重视并积极处理。胎儿畸形主要与其染色体异常有关，往往在妊娠中晚期时可以筛查出来。