深龋齿是能够通过补牙，也就是所谓的充填进行治疗的。在排除了伴有不可复性牙髓炎和牙髓穿孔的情况后，根据患牙牙髓是否充血和软龋能否去净，采取不同的治疗方法。分别是垫底充填、安抚治疗和间接盖髓术。
当患牙无自发痛、激发痛不严重、刺激去除后无延缓痛、能去净龋坏牙本质时，可以直接垫底充填。
当患牙无自发痛，但有明显的激发痛，备洞过程及其敏感，这类患者应先做安抚治疗，待症状消除后再做进一步处理。软化牙本质不能一次去净，牙髓牙本质反应能力下降，无明显主观症状的深龋，还应该行氢氧化钙间接盖髓术，盖髓术之后，再根据观察的情况行进一步处理。