抗生素诱发的肠炎治疗时需要先调整肠道菌群，可以服用一些肠道益生菌。而且由于抗生素诱发的肠炎，还需要及时停用抗生素类药物。如果患者出现腹泻症状时，也需要使用止泻的药物。
抗生素使用所导致的肠炎，多是由于长时间使用抗生素所形成的依赖性肠炎，或者是伪膜性肠炎。而且长时间大剂量地反复使用抗生素的药物，也会引起肠道菌群失调。在治疗时需要先针对原发性病因进行治疗。
当人体出现身体不适症状后，需要使用抗生素药物时不能够盲目，以免对身体健康造成影响。