颅骨缺损对大脑的伤害主要包括可能引起二次颅脑伤害，脑组织随体位反复变化引起损害，长期颅骨的缺损会引起伤者容貌的变化以及产生心理压力。
这些原因中最需引起重视的是因为颅骨缺损，使脑组织外仅有头皮组织包绕，失去了正常坚硬颅骨的保护，常常因为颅骨缺损处遭受外力再次引起颅脑损伤。
颅骨缺损的病人，因脑组织重力作用会引起缺损区域脑组织反复的凹陷或膨出，也使脑组织受到不同程度的损伤，长期的颅骨缺损会影响患者容貌，使面部变形，影响患者的心态，严重者产生性格的变化，并导致抑郁症的发生。