患有肺真菌病的患者主要的诊断方式是在患者的痰液、胸腔积液或者肺脓肿的脓液当中，找到真菌孢子或者真菌菌丝以及抗原皮肤试验，血清学检查有助于证实疾病的诊断。
患者出现这种疾病，大多是属于继发感染所引起的病情，在患者过度滥用抗生素的情况下，或者患者机体免疫力低下的情况下出现有发病。所以，根据临床症状和体征来进行判断，对于疾病的诊断有一定的困难。而且即使经过痰液或者分泌物的涂片或者培养检查，检查到真菌，也未必是真正的肺真菌病的病情。因为真菌在人体内属于正常的细菌，与其他细菌相制约形成平衡，维持菌群平衡的状态。只有在菌群失衡的状态下，才可以有肺真菌病的发生。
所以主要依据在病情发作时，找到真菌孢子或者菌丝，可以明确疾病的诊断。