生理盐水灌肠禁忌症有：有急腹症、消化道出血、妊娠心血管疾病、肝性脑病、充血性心力衰竭、水钠潴留等患者不易进行灌肠。另外，一些体弱、幼儿或者老年人也禁止灌肠。
多是因为在进行灌肠时，肠道菌群会被破坏，降低人体免疫力，甚至还有可能会出现其他并发症。
灌肠主要是将生理盐水注入肛门，当液体在体内达到一定量时，人体开始有排便的欲望。而且在灌肠期间，还需要多和患者进行沟通，安抚患者情绪，使患者放松，出现异常情况及时处理。