感染接合菌后病变常侵及鼻腔、眼部、肺部、消化道等部位，侵犯鼻腔可引起鼻塞、头痛等，而后鼻腔可流出暗红血性分泌物，侵犯眼部可引起眼睑水肿、眼肌麻痹、眼球突出、瞳孔固定、视力下降以至失明。
一旦侵入颅内可迅速出现脑膜炎、脑炎等相应症状，可出现面部疼痛、瘫痪等症状，肺接合菌病常见持续发热、胸痛、咳血痰和大咯血，消化道接合菌病最常见症状是上腹疼痛，可伴有恶心、呕吐等症状。
皮肤接合菌病损害形态多样，有红斑、丘疹、斑块、脓疱、溃疡、坏死等，病程短，预后差。