流感和新冠肺炎叠加以后危害众多，首先是患者的病情因此变得更加严重。
对于少数患者出现流感病毒和新冠病毒混合感染时，患者发生重症肺炎的几率也会明显地增加。此类患者容易发生相应器官的功能损害或是衰竭，特别是呼吸衰竭的发生率明显增加，并发症也因此增多。治疗起来也明显棘手，疾病恢复时间延长。部分重症患者即便治愈以后，其后遗症也相对较多和严重。
另外，此类叠加感染的患者对公共卫生安全的危害。因为此类患者传染性明显地增强，更容易发生人传人的情况。故要及时发现此类叠加感染的患者，并及时予以隔离治疗，降低上述的危害。