肠气肿综合征的治疗没有特殊有效的治疗药物。在选择用药治疗过程中，首先是要明确疾病的病因，要积极治疗原发疾病。
如果患者是因为病原微生物的感染导致时，可能需要及时的给予口服抗感染药物治疗，有利于症状的缓解。同时有可能需要通过口服保护胃肠粘膜的药物，避免病原微生物的感染。
假如患者没有明显的临床表现时，也可以不用口服药物治疗，但是需要随诊观察。同时在日常生活当中要加强营养，适当的补充B族维生素类的药物。严重的患者比如出现了肠梗阻、肠穿孔时，可能需要通过手术治疗。