部分功能性胃肠病可以自愈。功能性胃肠病并没有特征性临床表现，其病程多迁延不愈，症状反复发作，也可有多个症状的重叠。但目前尚未确定某一症状与某一病理生理改变有特定的关联，但患者多有不良生活事件、精神紧张、焦虑抑郁等。治疗上也没有对每位患者均有效的方法，常用的方法有：
1.建立良好的生活习惯，避免饮食不规律，避免烟酒，避免刺激性食物。
2.精神心理调整。精神心理调整是治疗中的重要环节，应根据不同的特点进行心理治疗。部分经过生活饮食调整，或生活不良刺激减轻，症状可以好转，但部分患者需要服用抗焦虑抑郁的药物治疗。