大便时肛门疼痛见于很多疾病，如肛裂、血栓性外痔、肛周脓肿等。大便时肛门疼痛常见的原因是进食辛辣食物后，体内辣椒素刺激直肠粘膜，以及长期便秘的患者，排便时大便干燥、质硬，挤压摩擦肛门，撕裂肛管，造成疼痛。
血栓性外痔，发作时引起剧烈的肛门疼痛，伴随痔核增大。肛裂发作时，肛门括约肌痉挛，出现典型周期性肛门疼痛，伴随肛门滴血或者手纸染血。肛周脓肿引起的肛门疼痛，一般在肛周发现包块，伴随红肿热痛的急性感染特点，破溃流脓或者切开后，疼痛减轻。