伤口长出肉芽组织要根据伤口的愈合情况，采取以下的方式处理：
1.如果伤口还没有完全愈合，长出新鲜的肉芽组织，这是伤口正在愈合的正常表现。一方面发展肉芽组织，可以逐渐填满缺损的伤口，最后达到完全愈合的状态，不需要给予特殊的处理，做好局部的消毒和换药即可。
2.如果伤口肉芽组织高出皮肤的表面，会影响伤口的愈合，需要将高处的肉芽组织进行修剪。如果伤口已经愈合，还有肉芽组织突出表面，需要探查伤口下面是否有感染、积脓，必要时可将伤口局部的皮肤进行切除以免过度生长。