肛瘘伤口有肉芽要及时地进行修剪，特别是一些异常增生的肉芽组织以及不新鲜的肉芽组织。早期的时候由于肉芽组织的神经尚未修复，所以在修剪的过程当中也不会发生疼痛的情况，也不会有出血的发生。如果肛瘘伤口的肉芽组织到后期有异常的增生，一般是需要在麻醉的状态下进行修剪。
另外，在修剪以后也要适当地进行局部的按压，防止发生出血的情况。肛瘘伤口的恢复主要就是以肉芽组织填充为主，但是对于一些不健康的肉芽组织、过度增生的肉芽组织要及时地做祛除的处理。
另外，患者也要尽量地保持伤口引流的通畅，避免出现桥型愈合的情况，延迟术后伤口的愈合时间。