甲状腺结核由于起病比较慢，病程也很长，所以大部分在发病初期没有明显的症状。随着病情的发展，很多患者都会出现除甲状腺之外的结核病症状，比如发热、寒战、乏力、食欲降低、身体逐渐消瘦等。
此外，甲状腺结核的类型不同，症状也有所差异。如果是粟粒型，发病会比较急，虽然一般不会有甲状腺的肿大，但会伴有粟粒型结核的结节。如果是干酪型，会有很多无痛感的肿块，彩超下会看出表面不光滑以及边界不清。
如果是弥漫纤维型，甲状腺会有一个明显增大的症状，此类型与甲状腺癌的症状比较类似。