先天性肺囊肿患者诊断明确后，对于没有合并急性感染的患者，一般建议及时手术切除。
因为先天性肺囊肿特别容易继发感染，对于继发性感染药物治疗一般无法根治，相反如果多次感染导致周围炎症反应，可能会引起胸膜广泛粘连，容易发生并发症，并且会严重影响手术后的效果。
对于症状严重，尤其在出现发绀、缺氧、呼吸窘迫者，更应及时急诊手术，对于肺囊肿症状较轻及无继发性感染的患者，手术效果一般比较好，建议患者及时到医院进行治疗。