虹膜囊肿需要根据不同病因、不同症状、不同情况给予相应的治疗。
对于没有症状或比较小的虹膜囊肿，可以密切观察，不需要特殊处理。
如果是虹膜囊肿引起前房炎症性的渗出，可给予糖皮质激素或非甾体类药物局部治疗。也可以用激光治疗，主要是用于浆液性囊肿，比较小的能够用小能量激光击穿囊壁的，但是激光治疗容易复发。
继发青光眼的则需要降眼压用药。如果药物治疗无效，可以进行手术治疗，经角膜缘做切口，包括整个囊肿在内，将虹膜完整切除。