新生儿巨细胞病毒感染，主要是采取抗病毒等对症治疗，一般初始剂量是按公斤体重5到10毫克来计算，分为每12小时一次静脉滴注，一般疗程为7天到10天左右，治疗一个疗程以后，一般休息10天到半个月左右，然后再采取第二个疗程，也就是进入诱导期。
而诱导期是按公斤体重5毫克来计算，一般一个疗程是一周，至少要维持3到4周左右，所以总疗程大约也就是6周左右。而且再给宝宝使用药物过程中，一定要注意每12小时静脉点滴一次，同时要注意每次输液的速度一定要大于一个小时左右，而且起初的时候，每周复查血常规两次，以后的时候每周复查一次血常规就可以了，同时要注意更昔洛韦的副作用，主要是有骨髓抑制以后的中性粒细胞减少或者是血小板减少，贫血，还有肝功能的损害，必要的时候，还要复查肝功能。