妊娠期甲状腺功能亢进症的治疗禁忌主要是只能口服药物治疗，不能采用核素碘131以及甲状腺手术来治疗，并且口服抗甲状腺激素合成的药物，在甲状腺激素正常情况下尽可能使用最小的剂量，因为药物使用过多会产生一定副作用，同时甲状腺激素水平如果升高很容易对胎儿造成影响，比如出现流产或者早产现象。
孕妇本身也会出现高代谢症，有心慌胸闷、疲惫乏力、多汗、畏热等症状，严重者甚至会出现心律失常以及心房纤颤，进而生产时出现甲亢危象。因此要尽可能把甲状腺激素水平调到正常水平，又需避免药物被胎盘吸收，对胎儿生长发育造成影响，比如导致胎儿致畸，所以要使用最小的量。
另外治疗期间要注意定期检查肝脏功能，以便及时调整治疗方案。