排便困难，并非肛瘘的主要症状。肛瘘的主要症状为肛周反复流脓以及肿痛，还有肛周潮湿、瘙痒等。
由于直肠内污染物质会持续的进入瘘管，会反复导致瘘管感染，引起肿痛。化脓以后外口破溃，脓液流出就导致流脓症状。反复的流脓会导致肛门周围出现潮湿，时间久了会滋生细菌感染，而引起瘙痒症状。
但如果比较严重的复杂性肛瘘，患者并未及时去医院手术治疗，肛门周围大范围的反复感染，肛周瘢痕增生，从而会影响肛门的功能，甚至会肛门狭窄而导致排便困难，但这种情况在临床上非常少见。