小柳原田综合征主要和以下疾病进行鉴别:
一、交感性眼炎，有眼球贯通伤或内眼手术史，一般没有神经系统症状以及皮肤和毛发的改变。
二、视盘炎，多伴有瞳孔对光反射异常，如对光反射不能持久，出现跳跃现象。视野检查显示中心暗点、旁中心暗点、象限性的缺损或向心性的缩小等等。眼底荧光血管造影显示，视盘荧光渗漏。
三、后巩膜炎，玻璃体炎伴有视网膜脉络膜皱褶，眼部b超显示T形征，有助于诊断。
四、其他肉芽肿性全葡萄膜炎，如梅毒、类肉瘤病、结核等特殊感染，有其他的症状。