附睾囊肿的治疗方式需要结合囊肿大小、致病菌感染以及伴随症状制定。
附睾囊肿的形成跟局部慢性感染长期刺激、外力的损伤、不洁性行为等有关，导致憩室小管扩张而形成囊肿。较小的囊肿，无压迫刺激，无临床症状，可不用治疗，阴囊超声定期随访检查即可。
由于附睾囊肿较大，伴随感染，影响阴囊内温度调节，导致精子质量下降，伴随坠胀、疼痛不适，对日常生活、工作造成影响，需要给予喹诺酮类药物抗炎以及对症止痛药物治疗，必要时需要手术将附睾囊肿切除治疗。