附睾结核和附睾囊肿主要从症状、临床对附睾部位扪诊检查以及实验室检查进行区别。
前者由结核杆菌感染附睾所致，常伴随低热、盗汗、阴囊部位坠胀不适感觉，扪诊检查可发现串珠样改变，实验室尿结核杆菌培养可见致病菌。较小的附睾囊肿一般无任何症状，扪诊检查可触摸到囊性占位改变，尿液以及血液等相关检查结果无异常提示，主要是结合超声检查，根据回声变化对附睾囊肿进行区别。
附睾结核需要足够疗程抗结核药物治疗，较小的附睾囊肿可不用治疗，附睾囊肿较大可手术切除。