马蹄肾的危害主要表现为：有可能会产生肾积水、肾结石、上尿路感染，从而导致病人出现腰痛的症状。马蹄肾属于先天性疾病，它是因为左右两侧的肾脏，在下极融合在一起。融合部分的组织对输尿管有压迫，从而导致肾积水。经常的肾积水就容易导致肾结石的发生。
同时如果病人抵抗力下降，就很容易出现上尿路感染。这样的话病人往往会表现腰痛的症状，因此如果病人有马蹄肾出现了上述症状，而且病人表现的腰痛症状比较厉害，就需要做手术治疗。